在南京法院起诉可能基于以下几点考虑：
方便原告起诉：
如果原告在上海有分公司，选择南京法院可能更方便原告进行起诉，因为这样可以减少原告在诉讼过程中的旅行和住宿成本。
便于事实调查：
如果被告的经常居住地在南京，那么在南京起诉可以方便法院调查事实，因为被告更有可能出庭应诉，有助于法院查明真相。
便于执行：
在涉及经济纠纷的案件中，如果原告胜诉，通常需要申请强制执行。如果执行法院是被告的经常居住地，即南京，那么执行程序会更加顺畅。
根据《民事诉讼法》的规定，对公民提起的民事诉讼，可以由被告住所地或经常居住地的人民法院管辖。因此，如果被告的经常居住地在南京，原告在南京法院起诉是符合法律规定的
