出资证明书应当由公司所在地的工商部门开具。具体办理流程包括：
准备必要材料：
股东需要携带公司营业执照副本原件、经办人身份证原件等相关材料。
提交申请：
股东或代理人到公司所属的工商局提交申请，并说明需要办理股权证明。
审核与办理：
工商局工作人员审核股东身份和出资情况，确认无误后，会打印出出资证明书并加盖公章。
此外，如果股东需要查询自己的出资证明，也可以前往当地工商局或相关工商行政管理部门进行办理，需要准备的材料包括营业执照原件复印件、委托书及受托人身份证原件复印件。
综上所述，出资证明书应当在公司所在地的工商部门办理，需要携带相关证件并遵循相应的流程。
