根据最新的个人所得税计算方法，如果月薪为40000元且已扣除各项社保费用，那么应缴纳的个人所得税为 6090元。具体计算步骤如下：
1. 应纳税所得额 = 工资收入金额 - 各项社会保险费 - 起征点（5000元）
2. 应纳税所得额 = 40000 - 0 - 5000 = 35000元
3. 应纳税额 = 应纳税所得额 × 税率 - 速算扣除数
4. 应纳税额 = 35000 × 25% - 2020 = 6090元
因此，月薪40000元在扣除各项社保费用后，应缴纳的个人所得税为6090元。
