扣除在税收制度中主要有以下几个原因：
减轻税收负担：
通过允许纳税人在计算应纳税所得额时扣除部分支出，可以降低其实际应纳税额，从而减轻税收负担。
实现税收公平：
税前扣除确保纳税人负担的税收与其经济状况相匹配，避免对特定群体造成过大的经济压力，并确保税收制度的公正性。
鼓励特定行为：
政府通过设定某些支出的税前扣除政策，可以引导纳税人的行为，鼓励其投入到有益于社会整体发展的活动中，如教育支出、慈善捐赠或研发投资等。
促进企业长远发展：
企业所得税的扣除政策可以鼓励企业增加研发投入、提高员工待遇、更新设备技术等，从而促进企业的可持续发展和经济增长。
提高财务透明度和信用度：
将管理费用单独列为一个独立的项目进行核算，可以更清晰地展现企业的经营成本和盈利情况，方便外部评估和监督，提升企业的信用度和形象。
调控经济和社会政策：
通过税前扣除，政府可以实现其宏观调控目标，如鼓励研究和开发项目的投资，促进社会公平和经济发展。
综上所述，扣除在税收制度中起到了减轻负担、实现公平、鼓励特定行为、促进企业发展、提高财务透明度和社会政策调控等多重作用。
