药房目前由 市场监管局进行管理。根据最新的监管机构设置，市场监管局整合了原食品药品监督管理局、质量技术监督局、工商行政管理局的职能，包括药品、医疗器械和化妆品的注册、生产、流通、使用等环节的监管。此外，国家药品监督管理局负责制定药品、医疗器械和化妆品的监管制度，而省级药品监督管理部门则负责本行政区域内的药品监督管理工作，市县两级市场监督管理部门则负责药品零售、医疗器械经营的许可、检查和处罚等。
因此，可以明确药房的管理部门为市场监管局，该部门负责药品的注册、生产、流通、使用等环节的监管，确保药品安全有效。
