注册公司应当在 工商行政管理机关进行。具体来说，设立公司应当依法向公司登记机关申请设立登记，公司登记机关是工商行政管理机关，下级公司登记机关在上级公司登记机关的领导下开展公司登记工作。
此外，根据《中华人民共和国市场主体登记管理条例实施细则》第三条的规定，国家市场监督管理总局主管全国市场主体统一登记管理工作，而县级以上地方市场监督管理部门主管本辖区市场主体登记管理工作，其派出机构也可以依法承担个体工商户等市场主体的登记管理职责。
因此，无论是有限责任公司、股份有限公司还是其他类型的公司，其注册手续均应在所属区域的工商行政管理局进行。在办理注册公司的过程中，需要提交一系列的材料，包括公司章程、股东名单、董事及监事任命书等，以证明公司的合法性和合规性。
